在一个阳光明媚的下午，小小侦探皮卡丘正在学校图书馆里寻找灵感。他是一个二年级的小男孩，爱好极具特色的——他热衷于成为一名侦探。他的房间里到处都是关于侦查和推理的小工具和书籍，他经常会用这些知识来帮助自己周围的人。
就在这个时候，学校里的老师们召开了一次紧急会议。他们说，他们发现了一个神秘的盒子，里面装满了各种各样的奇怪物品，但没有人知道它是什么用途或者谁放在这里。不过，这个盒子显然很有价值，因为周围都围起了警戒线。
听说这件事后，小皮卡丘心里充满了激动。他决定要揭开这个谜团，并且证明自己能成为一名真正的大侦探。他快速地跑向图书馆，把所有有关解谜、推理的小册子拿出来，然后开始研究那些案例，看看是否可以从中找到什么线索。
几小时后，他终于找到了一个可能的线索。一本老旧的冒险小说提到了“时间宝石”，它可以让拥有者穿越回过去或未来。但是，它也需要特殊的手续才能使用。而那个神秘盒子的中心竟然是一个闪闪发光的地球形状，就像是一颗宝石一样！
小皮卡丘意识到这是个重要的发现，他立刻跑向老师们汇报自己的发现。老师们非常惊讶，但也很高兴能够看到孩子们这么积极主动地参与进来。于是，他们决定一起去解开这个谜团。
经过一番讨论，他们决定先尝试打开箱盖看看有什么东西。如果真是“时间宝石”，那么一定会有一些特殊的手续或者密码。但是，当他们把箱盖打开的时候，只见里面装着一些普通玩具和食物，以及一个小笔记本。
小皮卡丘仔细翻阅那本笔记本，突然间，一行写得潇潇洒洒的话语吸引住了他的注意：如果你想找到真相，你必须回到过去。这句话似乎是在指向某种特别的事情，但是怎么做呢？
正当大家都迷惑不解时，小皮卡丘突然灵光一现。他想起了一段他前几天读到的故事，那是一个关于时间机器的小故事。在故事里，有一种方法可以通过简单的一串数字来控制时间机器，而这些数字就隐藏在某个地方等待被找出。
于是，小皮卡楚又重新审视箱子的每一个角落，不久之后，他终于在上面找到了那串数字。这就是答案！按照指示操作，那个地球形状上的点亮起来，显示出正确序列号，然后突然间，一道蓝色的光芒射出了盒子，从而揭开了整个神秘之谜！
原来，“时间宝石”并不是真的存在，它只是为了保护那些珍贵历史文物而设计的一个安全装置。当人们按正确顺序输入代码时，只有授权的人才能进入。那所谓的地球形状其实只是对外界的一个假象，是为了阻止非法入侵用的陷阱。
随着这一切被揭露出来，每个人都感到既惊讶又释怀，因为尽管过程充满了悬念，但是最终还是迎来了晴朗的心情。而对于那个勇敢无畏、聪明过人的二年级大侦探来说，这场冒险不过是他日常生活中的一部分，而他的心中，却已经酝酿着更多未来的冒险计划……