屠呦呦是第一位获得诺贝尔科学奖项的中国本土科学家、第一位获得诺贝尔生理医学奖的华人科学家。是中国医学界迄今为止获得的最高奖项，也是中医药成果获得的最高奖项。
2017年1月9日，屠呦呦获得2016年度国家最高科学技术奖。2018年12月18日，、授予屠呦呦同志改革先锋称号，颁授改革先锋奖章。 2019年5月，入选福布斯中国科技50女性榜单。
屠呦呦为青蒿素治疗人类疟疾奠定了最重要的基础，得到国家和世界卫生组织的大力推广，挽救了全球范围特别是广大发展中国家数以百万计疟疾患者的生命，为人类治疗和控制这一重大寄生虫类传染病做出了性的贡献，也成为用科学方法促进中医药传承创新并走向世界最辉煌的范例。
以屠呦呦研究员为代表的一代代中医人才，辛勤耕耘，屡建功勋，为发展中医药事业、造福人类健康作出了重要贡献。(中央总、、主席习评)
以屠呦呦为代表的杰出科研人员不仅是中医药界的骄傲，而且是整个科技界的骄傲。(、总理评)
屠呦呦的研发对人类的生命健康贡献突出。她的研究跟所有其他科研成果都不同，为科研人员打开了一扇崭新的窗户。(诺贝尔生理学或医学奖评委让·安德森评价)
屠呦呦不论是从学术上还是生活上都是一个很了不起的人。作为获奖人，她的经历是独一无二的。(诺贝尔生理学或医学奖评委会秘书长沃尔本·林达勒评价)
屠呦呦为青蒿素治疗人类疟疾奠定了最重要的基础，得到国家和世界卫生组织的大力推广，挽救了全球范围特别是广大发展中国家数以百万计疟疾患者的生命，为人类治疗和控制这一重大寄生虫类传染病做出了性的贡献，也成为用科学方法促进中医药传承创新并走向世界最辉煌的范例。陈竺表示，屠教授荣获诺贝尔奖极大增强了我国科技界为建设创新型国家，实现民族伟大复兴的自信心。屠呦呦是新中国培养的第一代药学家，她和团队成员所有的工作都是在国内完成的。屠呦呦获奖是我国科技实力、综合国力和国际竞争力的一个举世公认的标志性成果，和国家的和平发展和人类的和平发展的事业紧密相连。屠呦呦获诺奖是空前的，但也一定不是绝后的，随着民族复兴中国梦的逐步实现，相信今后会有更多中国科学家的优秀成果得到国际学术界的认可和尊重。
陈竺谈到，科学成果如何评价，论文只是一种方式，和健康相关的成果，必须写在人民群众的健康上，写在祖国大地上，写在人类的史册上。学术带头人、领衔科学家，尤其是在核心位置的领衔科学家发挥的领导作用，对于突破口的选择和重大的技术方案的确定，起到最为重要的作用，屠呦呦是这个群体的最为杰出代表。诺贝尔奖评奖委员会和2011年拉斯克奖委员会做出最后的决定完全是基于科学、客观的事实基础。(全国副委员长陈竺评)
屠呦呦几十年来致力于严重危害人类健康的世界性流行病疟疾的防治研究，从中医药这一伟大宝库中寻找创新源泉，从浩瀚的古代医籍中汲取创新灵感，从现代科学技术中汲取创新手段，与她领导的研究团队坚持不懈，克服困难，联合攻关，成功地从中草药青蒿中提取出青蒿素，并研制出系列青蒿素类药品，这一成就挽救了全球特别是发展中国家数百万人的生命，在世界抗疟史上具有里程碑意义。(国家卫生计生委、国家中医药管理局在贺信中表示)
屠呦呦老师多年艰苦奋斗、执著地进行科学研究，围绕国家需求，克服困难、一丝不苟，取得了令人瞩目的成绩。(中国工程院院士、中国中医科学院院长张伯礼)
春草鹿呦呦：青蒿一握，水二升，浸渍了千多年，直到你出现。为了一个使命，执着于千百次实验。萃取出古老文化的精华，深深植入当代世界，帮人类渡过一劫。呦呦鹿鸣，食野之蒿。今有嘉宾，德音孔昭。(感动中国颁奖)