在阿里巴巴公司创业初期，马云曾承诺给员工1200元的工资，比市场价高800元。尽管这样做成本增加，但他坚信尊重员工会带来更大的回报。他说：“我们家保姆，我给她1200元，杭州市场价800元。她做得很开心，因为她觉得得到了尊重。而那些高层他们月薪四五万元，即使你给他加一万元两万元，他也不会感到什么。但是你对广大员工增加一些，那么士气会大增。”
马云还提到过一个有趣的事实——自创业以来，阿里巴巴最初的18个创业者，现在一个都不少。别的公司出3倍薪水，员工也不动心。他曾风凉地说道：“同志们，3倍我看算了，如果5倍还可以考虑一下。” 对于这其中奥妙，他是这样解释的：“在阿里巴巴工作3年就等于上了3年研究生，他将要带走的是脑袋而不是口袋。”
在点评《赢在中国》节目的一位选手时，马云指出，“你自己很善良，也很有，也很幽默，也会讲很多的故事，但你的团队离开你的时候，你要想到一点，我们需要雷锋，但不能让雷锋穿补丁的衣服上街去，让他们跟你分享成功是很重要的。” 他强调，要想成功，就必须让团队成员能够共享成果。
收购雅虎中国后，整合问题又摆在马云面前。这次他非常果断，“什么都可以谈，只有价值观不能谈判”，这是他收购雅虎中国时的心理原则。一家公司一旦扩张到500人以上，不仅仅靠财务和人事上的管理就难以继续成长，更需要借助统一的价值观聚集人心，这正是马云深谙这样的道理。
对于是否喜欢能干还是听话的人选项的问题，马云回答说“Yes”，既要听话又要能干，因为“我不相信能干和听话是矛盾的”。 在他的眼中，每个人都平凡，没有什么特别之处，只是一步一步走来。“这个世界不是因为你能做什么，而是你该做什么”。
对于企业经营方面的问题，如建一个公司最好不要从开始就想卖出去，“如果一开始想到卖，你的大路可能就走偏掉”。 马 云还提醒新兴企业应专注于产品、服务以及体系建设，而非策划或投机取巧。在面对风险投资时，他建议必须与投资者共担风险，这样才能获得更多机会。
值得注意的是，在挑战和失败面前，不应该害怕反而应该积极迎接挑战。如遇灾难，要首先考虑客户和员工，然后再思考竞争对手。他认为每一次失败都是向成功迈进的一步，并且永远不要忘记边上的人比自己聪明。
最后，在讨论互联网发展趋势时，他表示互联网像一杯啤酒，有沫的时候最好喝。同时，对于电子商务行业，最大的受益者应该是商人们，他们通过网络工具赚钱，而使用这些工具的人却往往不知所措，这种现象是不正常且需要改变。